La Gobernación española que descansaba sobre ciudades regentadas por sus respectivos Cabildos no tenían cabida en el nuevo orden de dominación que la Metrópoli española de la dinastía de los Habsburgo iba asumiendo desde el Viejo Mundo. De allí la necesidad de que se estructurara un Estado Virreinal que centralice la administración el dominio de los nuevos territorios y dotado el suficiente poder para asumir tales metas, lo que implicó tomar la administración de justicia y la función policial de manera directa, subordinando a los cabildos. 

Las Reales Audiencias a través de los Alcaldes de Corte y los Alcaldes del Crimen serían los que mantendrían el orden y la seguridad en las ciudades  coloniales, las disposiciones de la Real Audiencia como las del Virrey a través de Ordenanzas de carácter policial eran acatadas también por los Alguaciles Mayores y sus ayudantes. El andamiaje policial colonial incorporó a nuevos funcionarios como el Corregidor y Justicia mayor, (que los había tanto para españoles como para indios), autoridad colonial de los siglos XVI, XVII y parte del XVIII, el cual sería sustituido a fines del siglo XVIII por el Intendente, con estas autoridades se pretendía descentralizar el ejercicio de la función policial. Debe anotarse que este esfuerzo por controlar y ordenar la vida social de la colonia, significó generar una situación análoga en la población indígena, la misma que había sido organizada por el Virrey Francisco de Toledo, de acuerdo a patrones occidentales de urbanidad, naciendo así numerosas villas de indios con su respectivo Alcalde y Corregidor.  La medida era idónea tanto para efectos administrativos como evangelizadores.  

Por otro lado el campo y sus caminos sería vigilado por la Santa Hermandad, vieja institución castellana, suerte de policía rural traída a estos territorios a fin de dar cuenta de un fenómeno delictivo como lo fue el bandolerismo y el cimarronaje. La condición de vida de los esclavos negros fue empeorando con el paso del tiempo, lo que repercutió en sus frecuentes fugas hacia el monte donde construyeron poblados que servían de refugio para estos cimarrones desde donde incursionaban contra los viajantes o las haciendas cercanas. Los bandoleros también se constituían en base a esclavos negros fugados, aunque admitían a mestizos. 

Este era el panorama policial durante el dilatado período virreinal, desde 1544 a 1820. La lucha constante contra las manifestaciones delictivas de la marginalidad urbana y rural, expresiones de un mundo ajeno a la imagen romántica y cortesana que se tejió alrededor de estos tiempos, donde la violencia hallaba espacio para expresarse en la vida cotidiana de los sectores populares y que perfilaba una picaresca indiana. 

Pero el Orden Colonial no sólo implicaba cuestiones hoy identificadas como esencialmente policiales, se pedía una observancia estricta por la moral y las buenas costumbres, observancia refrendada por un fuerte referente religioso, aspecto del cual se encargaría la Inquisición, la misma que asumiría en su actuar ribetes policiales, contando con un servicio secreto de "familiares de la Inquisición" que daba información a los Alguaciles del Santo Oficio sobre presuntos desviantes: herejes, apóstatas, blasfemos, cismáticos, adivinos y hechiceros, brujos y astrólogos, malos religiosos, bígamos, desacatos a las disposiciones eclesiásticas, excomulgados, judaizantes, mahometanos y alumbrados. El Orden Colonial sólo era posible con buenos vasallos que hicieran gala de ser buenos cristianos, de tal forma que en las postrimerías del virreinato, se dio caza a los "afrancesados" o "ilustrados", portadores de ideas liberales, peligrosas en cuanto cuestionaban dicho Orden.

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